天水市食品藥品監督管理局下設11個內設機構：（一）辦公室（二）法規監督科（三）綜合協調與應急管理科（四）食品生產監管科（五）食品流通監管科（六）餐飲服務食品監管科（七）藥品化妝品生產監管科（八）藥品化妝品流通監管科（九）醫療器械監管科（十）技術標準監督科（十一）宣傳教育科。

天水市食品藥品監督管理局負責執行食品、藥品、醫療器械、化妝品生產、流通和消費環節監督管理的法律、法規和規章。負責制定全市食品、藥品、醫療器械、化妝品監督管理的稽查制度并組織實施，組織開展食品、藥品、醫療器械、化妝品相關質量抽驗。